Para enriquecer ainda mais o trabalho pedagógico, o ICJ possui dois atualizados laboratórios.

O laboratório de Físico-Químico e Ciências Biológicas é destinado para as aulas práticas, de observação, e experimentos científicos.

O laboratório de Informática conta com uma atualizada estrutura de equipamentos, visando aprimorar o envolvimento dos alunos com o ambiente da tecnologia.